Aria naturală protejată fiind acoperită în cea mai mare parte cu păduri de foioase, vegetaţia este caracteristică acestor tipuri de habitate. Predomină dintre speciile de plante lemnoase: Fagus sylvatica, urmat de Quercus petraea şi Quercus robur şi diseminat de alte specii, precum Carpinus betulus, Ulmus glabra, Acer capestre, Acer platanoides, Fraxinus excelsior, Prunus avium şi altele asemenea. Mai ales pe Valea Bogăţii se dezvoltă mai multe hectare de aniniş, unde predomină, Alnus glutinosa, dar apar şi specii de Salix. În trupul de pădure de la vest de Bogata Olteană predomină Pinus nigra ca specie plantată. Subarboretul este relativ bine dezvoltat doar în câteva sectoare unde sunt deschideri în pădure sau la lizieră – mai ales în cvercinee, ori în păşunile împădurite. Aici se întâlnesc specii de arbuşti, precum: Cornus mas, Viburnum opulus, Viburnum lantana, specii de Spiraea, Sambucus nigra, Corylus avellana, Ligustrum vulgare, Rubus idaeus, Rosa canina, Crataegus monogyna, Juniperus communis şi altele asemenea. Pe terenurile unde sau executat tăierile definitive în făgete, se instalează şi specii pioniere, precum: Rubus hirtus, Populus tremula, Salix caprea, Betula pendula şi altele asemenea. Zonele deschise, mai ales păşunile şi fâneţele din nordul ariei naturale protejate, sunt acoperite cu o floră specifică, în care predomină gramineele şi alte plante. Pe cuprinsul acestui sit se dezvoltă şi 8 habitate de interes comunitar din care predomină ca extindere: Păduri de fag de tipul Luzulo-Fagetum – circa 50% din sit, urmat de Păduri de fag de tip Asperulo-Fagetum şi Păduri de stejar cu carpen de tip Galio-Carpinetum. Există şi două habitate prioritare, cu suprafeţe restrânse la nivelul sitului: Păduri aluviale cu Alnus glutinosa şi Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae) şi Păduri de Tilio-Acerion pe versanţi abrupţi, grohotişuri şi ravene.